Os vírus mais nocivos resultam (em grande parte) dos moluscos pescados em águas contaminados com resíduos de esgotos. Os dois vírus mais comuns são a hepatite A e o Normwalk. O Normwalk provoca distúrbios gastrointestinais. A hepatite A pode não ser imediatamente detectada. Em casos mais graves este vírus pode ter longa duração.

Alguns peixes (sobretudo os que vivem em águas tropicais) podem ser portadores de doenças. As duas doenças mais comuns são a ciguatoxina e a escombrotoxina. A ciguatoxina encontra-se sobretudo nos peixes de recife (barracuda, garoupa e pargo). A escombrotoxina está associada a peixes como a dourada, o atum fresco, à cavala e à anchova. Isto acontece quando o peixe não é bem conservado depois da pesca.